W obrębie ciała migdałowatego wyróżnia się dwie części:
- korowo-przyśrodkową - starsza filogenetycznie; spełnia rolę pobudzającą. Zbudowana jest z trzech głównych kompleksów jąder:
- korowy
- przyśrodkowy
- środkowy
- podstawno-boczną; młodsza filogenetycznie; spełnia rolę hamującą. Zbudowana jest z dwóch dużych kompleksów jąder:
- bocznego
- podstawowego
Informacje docierające do ciała migdałowatego dochodzą do zespołu jąder bocznych, skąd przekazywane są do zespołu jąder podstawnych. W ich obrębie zachodzi analiza i przetworzenie napływających informacji oraz porównanie ich z zapamiętanymi wzorcami pamięci emocjonalnej. Wynik zostaje przekazany do jądra środkowego, który wysyła na zewnątrz polecenia wykonawcze. Informacje docierają do przedwzgórza i narządów efektorowych.
